고려시대에는 불교를 숭상하였기에 많은 불교경전이 간행되었는데 대표적인 것이 1-2차에 걸쳐 판각된 동양 최대 규모의 고려대장경이다. 그 중 1011년부터 판각을 시작한 초조대장경의 목판은 대구 부인사에 보관되어 오다가 몽고의 침입으로 인해 불타버렸고, 1237년에 판각을 시작한 재조대장경의 목판은 몇 차례 소실(燒失)의 위기를 맞기도 했으나 잘 갖추어진 보존 시설을 바탕으로 지금까지도 해인사에 고스란히 보관되어 있다.

조선시대에는 책의 간행이 급격히 많아져 책을 찍은 목판의 보관처도 많이 지어졌다. 특히 비교적 큰 사찰에서는 장경각(藏經閣)을 따로 두어 경판(經板)을 보관 내지는 봉안(奉安)하였으며 해당 사찰에서 판각한 경판 뿐만 아니라 주위의 사찰이나 암자에서 판각하여 옮겨 온 경판을 보관하기도 하였다. 또 서원이나 문중 등에서 만든 목판의 경우도 서원이나, 종가, 사당 등에 건물을 따로 지어 보관하였다. 이들에게 목판이란 단순히 먹을 발라 책을 찍는 도구가 아니라 목판 그 자체가 가문의 영광이고 자랑이었기에 그만큼 소중하게 다루어졌다. 보관할 공간이 마련되지 못한 목판의 경우 사찰에 임시로 보관되기도 하였다.

근현대에 이르러 목판은 수난의 역사라 해도 과언은 아니다. 우선 일제침략과 6.25 전쟁 등을 겪으면서 전국에 내려오던 목판의 상당수가 사라지게 되었고, 이외에도 각종 자연재해와 화재, 도난으로 인해 많은 목판이 사라졌다. 무엇보다도 근현대 사회에서는 유교적 사상을 기반으로 한 조선시대와는 달리 목판에 대한 존엄성이 감소되었을 뿐만 아니라 보관상의 어려움으로 인해 목판을 땔감 등의 다른 용도도 사용되는 사례가 흔하게 일어났다. 그러나 그중에서도 목판 보존에 대한 관심을 가지고 정성을 다한 사찰이나 문중에서는 이러한 여러 가지 어려움을 극복하고 우리의 귀중한 문화유산인 목판을 소중하게 보관하여 왔으며, 현대에 이르러서는 목판 보존을 위한 설비가 잘 갖추어진 기관에 기증하거나 기탁하고 있다.